電視動畫《消滅都市》改編自Wright Flyer Studios制作的同名手機游戲，動畫中的一天，某個都市突然消失數以萬計的人們被卷入這次事件，這次事件被稱為消失事件，消失的地區被人們稱作失落之地。 三年后，運輸員-拓也接到一項委托，與消失事件中唯一生還的藍發少女-小雪一起，憑借著小雪的父親所發來的信息，前往失落之地，但阻礙在兩人面前的是已故之人的情感，暗中活動的神秘組織還有隱藏的陰謀。 拓也和小雪，完全互不相識的兩人在旅途中逐漸加深羈絆，逐步逼近消失事件的真相……